中藥中農藥來源主要有三方面：

中藥材在種植過程中濫用農藥而造成的直接污染：中藥材的種植者缺乏基本的植保常識，對農藥的選擇是高效、 低成本，甚至使用一些禁用農藥。為保產增收，種植者施藥次數頻繁，且經常是幾種高毒農藥混配使用。 特別是在蟲害嚴重時期，使用農藥的濃度加倍，造成了中藥材中農藥殘留超標。

土壤、空氣、灌溉水中殘留的農藥對中藥材的間接污染：在中藥材種植和生產過程中，中藥材被動地從受到農藥污染的環境，如土壤、 水源、 大氣中吸收與積累農藥。

中藥材在采收、 加工、 貯存、 運輸過程中造成的污染：農藥施用時機和季節不合理，如一些中藥材產區，在施用農藥后不久就開始采收。在中藥的生產過程中，環節多，污染的可能性大，如藥材炮制過程中輔料、 晾曬場所的污染等。另外在中藥的包裝及運輸中，如用包裝農藥、化肥的材料來包裝藥材，運輸農藥化肥的車輛未加徹底清潔就運輸藥材等都會造成污染。

中藥中農藥殘留分布特點：

中藥中有機氯農藥較其它類型的農藥污染程度高，次序為：有機氯類 > 菊酯類 > 有機磷、氨基甲酸酯類。有機磷和氨基甲酸酯類農藥檢出率較低，只有人工種植歷史久，蟲害嚴重的藥材如拘祀偶有檢出；

種植藥材中農藥殘留量稍高，而野生藥材中僅有痕量撿出；

同一地區的同種藥材、同一藥材的不同部位農藥殘留量也有較大的差異；根類、根莖類藥材一般較其它類藥材更容易被農藥污染；

中成藥和提取物中殘留農藥相對較少，殘留量也相對低。

中藥中農藥殘留的檢控：

深芬儀器農藥殘留檢測儀能準確、快速檢測出蔬菜、水果、糧食、茶葉以及土壤中有機磷和氨基甲酸脂類農藥殘留的快速檢測。可廣泛應用于各級蔬菜檢測中心、農貿市場、超市、環保機構、蔬菜種植基地、飯店、車載及實驗室等食品安全檢測與監控場所等單位對果蔬中農藥殘留的檢測。