雖然臭豆腐有獨特的風味和相當的營養價值，但是在臭豆腐生產過程中還是存在著不少安全性問題，所以臭豆腐要少吃。臭豆腐制作不難，原料容易獲得，所需的生產工具也比較簡單，一般的小街攤都能生產。
臭豆腐按照工藝可分為發酵和非發酵兩種。
發酵的是在豆腐基礎上發酵而成，臭味主要來源于微生物如(霉菌或者乳酸菌)發酵蛋白質產生的硫化物、吲哚、部分有臭味兒的氨基酸。
非發酵的臭味則來源于臭鹵水。臭鹵水主要是以莧菜、芥菜或其他蔬菜為基底，再加上豆腐干所含的蛋白質，因而造成了一個穩定的乳酸菌發酵環境。
現代化生產的“臭鹵水”是有微生物和品質監控的，安全性比較有保證。
不過，對于沒有衛生意識的小作坊或不法商販，臭鹵水中存在致病微生物，或者偷偷使用違規添加劑調個味兒，也是很有可能的。這些小街攤購買的臭豆腐質量是無法保障的，衛生安全也是不能保證的。臭豆腐的安全性問題主要在于生產過程中的微生物、非法添加物和油。
對豆腐坯、豆腐鹵坯以及油炸后的臭豆腐成品的微生物進行了檢測，結果表明，豆腐坯、豆腐鹵坯中的細菌總數和大腸菌群這兩個指標都超過了相關國家標準要求。一般來說，豆腐坯、豆腐鹵坯都是在25℃的條件下存放的，在此條件下，微生物的生長十分迅速。高溫油炸后的臭豆腐鹵坯，其細菌總數和大腸菌群雖都降至食用安全的微生物指標，但在25℃的條件下貯藏，微生物迅速增加，到第二天就會增加至超過國家標準值。所以，臭豆腐要現做現吃，不可存放太久。
如何辨別劣質臭豆腐
1、放臭豆腐的水太黑，是不正常的
這也是“一看二嗅三掰”辨別劣質臭豆腐第一步，到臭豆腐攤上，要先看放臭豆腐的水是否像墨水一樣黑。
2、聞臭豆腐的味道是否刺鼻
聞著刺鼻的臭豆腐，是加入了氨水的，氨水有害人體的健康，還有引起癌癥的危險。
3、掰開臭豆腐看里面和外面的色差
如果色差比較大，那說明臭豆腐的質量不好，要謹慎食用。
4、運用深芬儀器生產的食品安全測定儀器系列對臭豆腐的色素、菌落總數、不良添加等多個指標進行檢測。判定臭豆腐是的好壞。
